文献汇总–Niche-specific细胞功能状态

作者，Evil Genius

2025马上就要结束了，这是2025年最后一个周日，不知道大家有什么想对2026说的么？或者2026有什么目标么？

2025如果用一个词语总结，那就是喜忧参半，可喜的地方是自己结了婚，还清了外债，忧的地方是公司破产，劳动仲裁，没房没车，前路未知。

我最想对2026说的话就是，就算要整我，也请温柔一点吧😂。

今天我们继续汇总文献，关于Niche-specific细胞功能状态。

当然了，分析都是一连串的，首先在高精度分析的时候，第一步就是细胞注释。

对于大panel的空转来讲，是完全可以依据marker来进行注释的。

第二步，就是分析niche

空间转录组的核心优势在于能将细胞映射回组织二维空间，从而分析细胞间相互作用和空间组织模式。

“细胞邻域”为以某细胞为中心、半径200像素（约24微米）范围内的所有细胞（通常包含10–20个细胞），大家还知道王凌华的文章，邻域包含多少个细胞么？

识别得到的CN，其核心细胞组成及比例。

这个时候就来到分析的核心，Niche-specific细胞功能状态，即之前提到的niche-defined subtypes。

相同的细胞类型比如T细胞，处于不同的CN中，其功能状态会有很大的不同。

T细胞的功能状态可能因所处的空间邻域不同而发生改变，这取决于其与邻近细胞的相互作用。

不同CN中T细胞的表达分析比较

我们以文献为例

研究对三种典型邻域中的T细胞进行了比较分析：

CN1：T细胞富集区

CN3：髓系细胞（如巨噬细胞）富集区

CN5：肿瘤B细胞密集区

二、T细胞功能状态的邻域特异性

环境不同，通讯也不同

CN1 中存在丰富的趋化因子–受体互作（如CXCL9–CXCR3、CCL19–CCR7），由多种基质/免疫细胞分泌，T细胞表达相应受体 → 支持局部T细胞招募与驻留。

CN3 和 CN5 中则显著富集 PD-L1（CD274）–PD-1（PDCD1）抑制性信号通路：

在CN3中，PD-L1主要来自髓系细胞；

在CN5中，PD-L1主要由肿瘤B细胞表达。

这些抑制性互作直接导致T细胞功能受抑或耗竭。

总结一下就是

T细胞的功能状态高度依赖其所处的空间微环境。

CN1（T细胞富集区）是一个支持T细胞活化、招募和功能维持的“有利”生态位，富含趋化信号和抗原呈递。

CN3 是一个活化但开始耗竭的过渡态微环境。

CN5（肿瘤核心区）则构成免疫抑制性“冷”区域，缺乏T细胞招募信号，并通过PD-L1/PD-1等通路主动抑制T细胞。

这些发现强调：仅靠细胞类型组成不足以理解免疫反应，必须结合空间位置与细胞间通讯网络。

生活很好，有你更好